עם סיום טיפול השיניים הכלים עוברים ניקוי שטיפה וסטריליזציה.
ניקוי הכלים צריך להיות יסודי כך שירחיק את כל מה שנדבק לכלי בד"כ דם, רקמות רכות ורקמות קשות.
אסור להכניס לתוך האוטוקלב (סטריליזטור) כלים עם שאריות רקמות, מפני שלמרות הסטריליזציה, רקמות אלו עדיין יכולות להעביר מחלות. בד"כ הכלים מושרים בנוזל ועוברים ניקוי ידני על ידי הסייעת.
מחקרים מצאו שתהליך ניקוי זה אינו מרחיק את כל שאריות הרקמה והדם.
ניתן להכניס את הכלים לתוך אמבטיה אולטראסונית, אפשרות זו אינה מיתרת את הצורך בניקוי ידני של הכלים וגם כאן מחקרים מראים שהניקוי לא מוחלט.
הסיבות לכך הן רבות. רוב הכלים חדים מאד ומעוקלים, המקדחים ברובם משוננים ובעיקר אלו שעושים בהם שימוש לצורך קידוח העצם להתקנת שתל, כך שקשה להרחיק את כל הרקמה שדבוקה אליהם.

מחקרים הראו שלחץ הזמן במרפאה אינו מאפשר ניקוי יסודי של כל כלי וכלי וקיימת תמיד סכנה ופחד שתיגרם פציעה לצוות המרפאה במהלך הניקוי.
הפתרון הטוב ביותר והנכון ביותר הוא זה שקיים בבתי החולים בחדרי הניתוח והוא מכשיר הדחה וחיטוי מקצועי.
למכשיר זה מכניסים ישירות את הכלים מיד עם סיום הטיפול, אין כל צורך לשטוף או להשרות, המכשיר מבצע מספר פעולות: בתחילה שטיפה עם מים קרים, שמרחיקים את החלבונים הדבוקים למכשיר.
אח"כ שטיפה עם מים חמים, לאחריה שטיפה עם דטרגנט מיוחד ושטיפה
בטפ' של 90 מעלות היוצרת חיטוי.
סיום הפעולה נעשה ע"י יבוש הכלים עם אוויר שנשאב מחוץ למכשיר ומחומם כך שהכלים יוצאים נקיים, מחוטאים ויבשים מוכנים לאריזה וכניסה לאוטוקלב.

במרפאה קיים מכשיר הדחה מקצועי של חברת טוטנאור המובילה בעולם.
בדרך זו מובטח שאין כל סכנה להדבקה ולהעברת זיהומים בין המטופלים.